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Pas de patron, pas de congés maladie automatiques, pas de maintien de salaire. En tant qu’auto-entrepreneur, un arrêt de travail peut rapidement peser lourd sur votre trésorerie, tout comme une baisse ou un arrêt d’activité peut interroger sur vos droits au chômage en tant qu’auto-entrepreneur. Pourtant, un filet de sécurité existe bel et bien côté Sécurité sociale.
Encore faut-il savoir à quoi vous avez droit, dans quelles conditions, et surtout ce que ces indemnités couvrent réellement. Parce que la réalité est souvent bien loin des idées reçues.
Les indemnités journalières : oui, les auto-entrepreneurs y ont droit
Contrairement à une idée reçue persistante, les auto-entrepreneurs bénéficient bien d’indemnités journalières maladie (IJ) versées par l’Assurance Maladie. Ce droit est ouvert depuis la réforme du Régime Social des Indépendants (RSI), intégré au régime général en 2018.
Depuis cette fusion, les travailleurs indépendants, dont les auto-entrepreneurs, cotisent au régime général et peuvent prétendre aux mêmes prestations en espèces que les salariés, sous certaines conditions.
Quelles sont les conditions pour percevoir ces indemnités ?
Pour ouvrir vos droits aux indemnités journalières, vous devez remplir plusieurs critères cumulatifs. Le premier : être affilié à la Sécurité sociale depuis au moins un an. Le second : justifier d’un certain niveau de revenus ou de cotisations.
Plus précisément, vous devez avoir perçu, au cours de l’année civile précédant l’arrêt, un revenu professionnel annuel au moins égal à un seuil fixé par référence au SMIC horaire (actuellement autour de 600 fois ce taux horaire). Ce seuil est réévalué chaque année en même temps que le SMIC. En dessous de ce montant, aucune indemnité n’est versée.
Et si vous démarrez votre activité ?
La première année d’activité est souvent un angle mort. Si vous venez de lancer votre micro-entreprise et que vous n’avez pas encore d’historique de revenus suffisant, vous ne pourrez pas prétendre aux indemnités journalières de l’Assurance Maladie.
Dans cette période de démarrage, une prévoyance complémentaire individuelle devient donc d’autant plus stratégique pour éviter de vous retrouver sans ressources en cas d’arrêt.
Combien toucherez-vous concrètement ?
Le montant des indemnités journalières est calculé sur la base de votre revenu annuel moyen des trois dernières années. La formule retenue : 1/730e de ce revenu moyen, dans la limite du plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS).
Concrètement, plus vos revenus déclarés sont élevés, plus vos indemnités seront importantes. Mais le montant reste plafonné : un maximum journalier s’applique, révisé chaque année en fonction de l’évolution du plafond de la Sécurité sociale. Pour un auto-entrepreneur aux revenus modestes, l’indemnité peut se révéler assez faible.
Un exemple concret pour mieux visualiser
Imaginons que votre revenu annuel moyen sur les trois dernières années soit de 18 000 €. Votre indemnité journalière brute sera de 18 000 / 730, soit environ 24,66 € par jour. Pour un arrêt d’un mois (30 jours), vous percevrez environ 739 €.
C’est souvent loin de couvrir vos charges fixes. D’où l’importance d’envisager un complément de prévoyance.
Le délai de carence : les premiers jours ne sont pas indemnisés
Autre point crucial à connaître : le délai de carence. Pour les auto-entrepreneurs, il est fixé à 3 jours en cas de maladie ordinaire. Cela signifie que vos indemnités ne démarrent qu’à partir du 4e jour d’arrêt. Pour mieux comprendre ce mécanisme et savoir qui en supporte réellement le coût, vous pouvez consulter notre article sur les jours de carence en arrêt maladie.
Ce délai est le même principe que celui appliqué aux salariés du secteur privé pour la part Sécurité sociale. Pour les arrêts de longue durée, cela reste supportable. En revanche, pour des arrêts courts et répétés, ces jours non indemnisés peuvent s’accumuler rapidement.
Exceptions au délai de carence
Dans certains cas, le délai de carence est supprimé ou réduit. C’est notamment le cas pour les affections de longue durée (ALD), la maternité ou certaines pathologies graves reconnues. Votre médecin et votre CPAM peuvent vous renseigner sur votre situation spécifique.
Comment faire sa demande d’indemnités journalières ?
La démarche est simple mais doit être respectée dans les délais. Votre médecin établit un arrêt de travail en trois volets. Les volets 1 et 2 sont transmis à votre CPAM, le volet 3 reste chez vous.
Vous devez envoyer votre arrêt de travail à l’Assurance Maladie dans les 48 heures suivant la prescription. Passé ce délai, une réduction de vos indemnités peut être appliquée. Tout peut se faire en ligne via votre compte Ameli.
Les limites du régime obligatoire : pourquoi envisager une prévoyance complémentaire ?
Les indemnités journalières de base restent souvent insuffisantes pour maintenir votre niveau de vie. Elles ne couvrent pas vos charges professionnelles (local, abonnements, cotisations…) ni vos dépenses personnelles si vos revenus sont conséquents.
Les règles d’accès à ces indemnités peuvent par ailleurs évoluer : il est utile de suivre l’actualité des conditions d’ouverture des indemnités journalières pour ne pas être pris au dépourvu. Souscrire une prévoyance complémentaire permet, quoi qu’il arrive, de combler l’écart entre vos besoins réels et le filet de sécurité obligatoire. Ces contrats proposent des indemnités complémentaires, un délai de carence personnalisable (parfois dès le 1er jour), et parfois une couverture invalidité. Le coût varie selon votre âge, votre activité et les garanties choisies.
Ce qu’il faut comparer avant de choisir
Avant de souscrire, examinez attentivement le délai de franchise (carence contractuelle), le montant de l’indemnité journalière complémentaire proposée, les exclusions de garanties, et les conditions de revalorisation des prestations.
Une comparaison rigoureuse entre plusieurs contrats vous permettra d’identifier celui qui correspond à votre profil et à votre niveau de revenu réel.
Ce qu’il faut retenir en résumé
- Oui, les auto-entrepreneurs ont droit aux indemnités journalières maladie depuis 2018.
- Un revenu annuel minimum, indexé sur le SMIC et réévalué chaque année, est requis pour ouvrir les droits.
- Le montant est calculé sur 1/730e du revenu moyen des 3 dernières années.
- Un plafond journalier s’applique, révisé chaque année en fonction du plafond de la Sécurité sociale.
- Un délai de carence de 3 jours s’applique en règle générale.
- Une prévoyance complémentaire reste vivement conseillée pour compléter ce dispositif.
En tant qu’auto-entrepreneur, votre protection sociale n’est pas nulle — mais elle est souvent insuffisante face à une longue absence. Anticiper, c’est vous donner les moyens de traverser un coup dur sans mettre en péril votre activité.

Passionné d’entreprise et de finance, Salvador décrypte la stratégie, le management et les évolutions du monde professionnel pour aider chacun à mieux comprendre comment fonctionnent les organisations.
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